小规模纳税人可以到办税服务厅申请代开差额增值税专用发票。根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第（三）款第11项规定：“试点纳税人按照上述4－10款的规定从全部价款和价外费用中扣除的价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证。否则，不得扣除。上述凭证是指：（1）支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证。（2）支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑议的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明。（3）缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证。（4）扣除的政府性基金、行政事业性收费或者向政府支付的土地价款，以省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据为合法有效凭证。（5）国家税务总局规定的其他凭证。