2016年1月，甲公司自行研发了一项新生产技术，研发总支出1000万元，其中进项税额100万元。

第一种情形：直接转让境内乙公司，取得转让价款1500万元。

根据《财政部  国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的规定，纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税。

下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。

由于甲公司转让给乙公司的技术1500万元，免征增值税，所以这项技术研发过程中的进项税额100万元，属于专用于免税项目，不允许抵扣增值税销项税额。

第二种情形：转让境内丙公司，取得转让价款1500万元，并且甲公司也使用该项新技术生产产品。

根据财税〔2016〕36号文件规定，甲公司转让给丙公司的技术1500万元，免征增值税，由于甲公司也使用该项新技术生产产品，而生产的产品属于应税产品，不属于专用于免税项目，属于免税项目与应税项目的混用，所以这项技术研发过程中的进项税额100万元，允许抵扣增值税销项税额。

第三种情形：直接转让境外丁公司，取得转让价款1500万元。

根据《财政部  国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件4：跨境应税行为适用增值税零税率和免税政策的规定，中华人民共和国境内的单位和个人转让技术适用增值税零税率。

因此，甲公司转让境外丁公司的技术1500万元，税率为0，这项技术研发过程中的进项税额100万元，允许抵扣增值税销项税额。